의사들을 대상으로 이뤄진 여러 설문조사과 의료계의 여론을 빌리면 서울대 출신을 포함해 의료계 전반의 분위기는 안 후보에게 우호적이지 않은 것으로 감지되고 있다. 우선 의료계에 호의적이지 않은 전통 야권과 손을 잡은 것을 탐탁치 않게 여기는 의사가 많다. 전통적으로 의사들은 새누리당 지지 성향이 70%를 웃돈다. 더욱이 안 후보는 의료영리화(민영화)를 반대하고 있다. 안 후보가 임상의사 출신이 아님은 물론 기초의학과 멀어진 지도 20년이 다 돼 같은 직업을 가진 사람으로서 동질감을 못 느끼는 의사가 많다.

김윤수 대한병원협회장은 “안 후보의 사람 됨됨이는 훌륭하지만 조직도 없이 대선이라는 큰 선거판에 나가는 것을 우려한다”면서 “안 후보가 대통령이 되더라도 특정 직역의 이익을 위한 정책을 펴는 것은 힘들고 바람직하지도 않다”고 대선 출마에 대해 평가한 바 있다.
많은 의사들은 안 후보에 대해 ‘국정운영은 비즈니스 및 교수생활과는 차원이 다르다’,‘정치하다가 상처만 입을 것이다’,‘너무 곧은 사람은 정치가 맞지 않는다’, ‘안 후보가 대권을 잡으면 의사에게 득이 되기 보다는 도리어 해를 끼칠 수 있다’, ‘출마선언이 너무 늦었고, 정치적 주관을 뚜렷이 밝히지 않는 애매모호한 태도가 마음에 들지 않는다’ 등등의 이유로 대선 출마를 우려하거나 부정적으로 바라보고 있다.
지난 7일 일산 킨텍스에서 열린 의사가족한마음대회에서 박근혜, 문재인 후보는 참석했는데, 안 후보는 불참하고 대신 부인인 김미경 교수가 참석한 것을 놓고도 뒷말이 무성하다. 안 후보가 의사들의 시선이 그리 곱지 않음을 알고 부인을 ‘대참’시켰다는 식이다.

하지만 노환규 대한의사협회 회장은 “의사들의 정치 참여 흐름에 맞춰 안 후보를 지원하게 될 것”이라며 “궁극적으로 의사 회원의 권익을 보호할 수 있도록 노력하겠다”고 말했다. 노 회장은 정치성향이 진보적인 것으로 알려져 있다. 이와 함께 40대 이하의 대다수 젊은 의사들은 ‘역대 대통령 후보 중 가장 참신하다’,‘의사 중에서도 대통령이 한번 나와야 할 때가 되지 않았느냐’, ‘의사에게 득이 되면 됐지 실이 될게 뭐냐’는 생각이 강해 안철수에 대한 세대간 시각차가 큰 것으로 관측되고 있다.