대한의사협회와 국민건강보험공단간 분위기가 심상치 않다. 의협이 ‘포괄수가제’ 시행에 불만을 품고 공단을 비난하는 광고를 일간지에 게재한데 이어 공단 일부 직원들로 추정되는 의사비방 글이 인터넷에 게재되는 등 이달 초부터 계속된 상호비방은 의협이 감사원에 공단에 대한 공익감사를 신청하면서 최고조에 달했다. 이와 관련, 윤창겸 의협 부회장과 이홍선 사무총장은 24일 오후 2시 감사원을 방문해 공단의 호화청사 신축, 상습적 뇌물수수, 직원의 도덕적 기강 해이 등 건강보험공단의 관리 운영 실태에 대한 공익감사 청구를 위해  회원 300여명의 서명을 받은 청구서를 직접 감사원 직원에게 제출했다.
의협 측은 감사청구 이유에 대해 “건보 직원들은 무엇보다도 어느 한쪽으로 치우침 없이 공정한 태도를 고수해야 하는데도 근무시간에 포괄수가제의 잘못된 부분을 지적하는 인터넷 글에 무차별적으로 악플을 달면서 본뜻을 곡해하는 등 여론을 질타하고 있다”며 “더 심각한 것은 공단 홍보부서뿐만 아니라 다른 부서 직원들까지 업무를 팽개치고 인터넷 여론전에 가한 일”이라고 주장했다.
의협은 특히 “이번 악의적 여론전은 직원들이 자발적으로 가담했을 수도 있지만 상부의 압력 때문에 어쩔 수 없이 댓글알바로 내몰렸을 가능성도 배제할 수 없다”며 “이것이 사실로 밝혀질 경우 연루된 직원들은 희생양이 될 수밖에 없으며, 이로 인해 국가 공무원의 정도와 품위는 땅에 떨어지고, 대다수 성실하게 소임에 임하고 있는 전체 공무원들의 명예를 실추시키고 있다”고 피력했다. 의협은 공단의 호화청사 신축에 대한 청구 이유에 대해 “공단은 2010년부터 지사건물을 18개, 2011년에는 15개를 신축하는 등 국민의 세금으로 운영되고 있으면서도 재정을 심각하게 낭비하고 있다”고 밝혔다.
의협은 또 공단직원의 상습적 뇌물수수 사건과 관련해 “최근 공단 일부 직원들이 정기간행물과 건보료 고지서를 인쇄하는 계약업체로부터 수년간 수천만원의 뇌물을 받은 혐의로 경찰조사를 받고 있는 것으로 보도됐다”며 “이는 공단 조직운영이 방만한 탓에 일어난 일”이라고 거듭 주장했다.송형곤 의협 대변인(공보이사)은 “감사원에 공익감사 청구가 접수된 이상 공단이 국민건강을 위한 효율적이고 공평한 조직, 기관으로 개선될 수 있도록 전반적인 경영실태와 조직관리현황, 시스템 등을 면밀히 조사해 엄정한 감사가 이루어 져야 하며 공단도 뼈를 깎는 자정노력을 해야만 한다”고 강조했다.