수영, 온천욕, 하천 물놀이 등으로 인한 질환과 피부병은 세균과 미생물 감염을 통해 당일 또는 1~2주 정도 잠복기를 거쳐 증상이 나타난다. 물속에 있는 세균 중 하나인 녹농균은 병원성은 강하지는 않지만 외이염, 중이염 등 귓병과 피부병을 일으킨다. 녹농균에 의해 피부발진은 피부가 가렵다가 울퉁불퉁해지고 진무름이 생기기도 한다. 꼬리유충이 피부에 접촉하게 되면 홍반, 구진 등이 발생하고 수 시간 후 물집, 결절, 농진 등을 일으켜 피부를 따끔따끔하게 만든다. 보통 1주 정도 후에 없어지지만 2차감염의 원인이 되기도 한다. 피부질환 외에도 설사와 위장장애를 일으키는 이질균, 대장균, 와포자충 세균 등과 미생물이 있다. 장에 급성염증을 일으키는 이질균은 200마리 미만의 균만 섭취해도 감염될 수 있고 특히 유아 및 청소년 사이에 세균성 이질 환자가 많이 발생한다. 대장균은 장 속에서는 병원성을 나타내지 않는 것이 보통이지만 일부 항원형 대장균은 병원성대장균으로 젖먹이에서 성인에 이르기까지 전염성 설사를 유발한다. 와포자충은 기생성 원생동물 중 구충류의 일종으로 설사를 유발한다. 와포자충은 염소 소독에 대한 저항성이 매우 크기 때문에 더욱 위험하다. 

물놀이 후 설사병이 발생했다면 탈수증상을 막기 위해 수분을 충분히 보충해야 한다. 심한 경우에는 의사와 상담해 알맞은 치료를 받아야 하고 귓병에 걸렸다면 항생제 처방을 받아야 한다. 미국에서는 물놀이 후 귓병에 걸린 아이들 40% 이상에게 먹는 항생제가 처방되지만 먹는 항생제는 세균의 내성을 증가시키기 때문에 초기치료 시 액체 항생제를 몇 방울을 귀에 흘려 넣는 방법이 유용하다. 수영 후에 나타나는 가려움증이나 피부발진은 대부분 긁지 않으면 자연 치유되고 가려움을 완화시켜주는 크림이 도움이 되지만 심한 경우 병원을 찾아 치료를 받아야 한다. 

다양한 위험요소가 존재하는 여름철 물놀이를 안전하고 건강하게 하기 위해 철저한 위생관리와 예방법이 필요하다. 물놀이 질환을 예방하기 위해서는 가급적 입으로 들어오는 물을 삼키지 않고 잠수는 피한다. 눈, 입, 귀 등으로 물이 들어가는 것을 방지해 귀마개·수영모를 착용하고 귀에 물이 들어갔다면 들어간 물을 빼내고 귓속 물기를 말린다. 면봉이나 솜으로 무리하게 닦으면 쉽게 상처가 나고 2차 감염의 가능성이 있어 자연 건조시키는 것이 좋다. 피부에 상처가 있으면 세균에 의해 감염될 수 있기 때문에 물에 들어가는 것을 자제한다.