국세청이 면세 대상이었던 임상시험 연구비용에 부가가치세를 추징키로 결정하자 병원계가 반발하고 나섰다. 대한병원협회는 7일 부가가치세법 시행령 제42조 및 동법 시행규칙 제32조 및 동법 기본통칙 12-35-4 등에 근거, 모든 임상시험에 대한 부가가치세를 현행대로 면제해 줄 것을 국세청과 기획재정부 등에 건의했다. 또 한림대, 을지대, 가톨릭대 등에 대한  임상시험 용역 관련 부가가치세 추징을 철회해달라고 주장했다.

국세청은 최근 한림대, 을지대, 가톨릭대 등 3개 학교법인을 대상으로 5년치(2008~2012년) 부가세인 130억원의 추징에 나섰다. 과세 대상이 빅5병원 등으로 확대될 경우 추징금은 900억원에 달할 것으로 추정된다.

병협은 신제품을 개발하거나 제품의 질·성능을 개선하는 연구용역은 현행법상 면세 대상에 해당된다고 주장했다. 이들은 지금까지 임상시험기관은 학술연구용역과 기술개발을 면세대상으로 규정한 부가가치세법 시행령 제42조 동법 시행규칙 32조에 근거해 부가가치세를 신고하지 않았으며, 시판 후 임상시험 용역인 4상 임상시험(PMS)에 대해서만 일부 과세신고를 하고 세금을 납부해왔다고 지적했다.

병협은 또 이번 과세 추징으로 해당 수탁기관은 부가가치세를 대납한 후 제약사 등 위탁기관으로부터 해당 금액을 받아야 하는 실정이지만 계약이 종료된 상태에서 이는 어렵다고 불만을 토로했다. 또 임상시험 건수의 약 50%가 다국가간 계약이므로 국가간 분쟁의 소지도 있다고 우려했다.

현재 국내 임상시험 실시기관은 164개이며, 시행건수는 2004년 136건에서 2012년 670건으로 매년 증가 추세다. 임상시험 국가순위는 2012년 10위, 전세계 도시별 순위는 서울이 1위를 차지하고 있다.

전세계 신약개발 관련 연구개발(R&D) 비용은 2011년 약 150조원에서 2018년 약 167조원에 이를 것으로 예상된다. 임상시험은 주로 미국, 독일, 프랑스 등 선진국에서 시행되다가 1990년대에 아르헨티나·브라질·태국으로, 2000년 후반에 중국 및 인도 등으로 확대됐다. 한국은 2000년 본격적으로 임상시험을 시작해 10여년 만에 아시아 1위, 전세계 10위권이라는 성과를 이뤘다.

병협은 “짧은 기간에 임상시험 선진국 반열에 오를 수 있었던 원동력은 높은 의료수준, 정부의 과감하고 꾸준한 지원, 다른 국가에 비해 저렴한 연구비 등”이라며 “임상시험 용역에 부가가치세를 부과한다면 임상시험에 대한 가격경쟁력이 떨어질 것”이라고 주장했다. 이어 “의료, 산업화를 위해 불필요한 규제는 개선한다는 현 정부의 정책과 배치되는 이번 과세 추징은 반드시 시정되야 한다”고 강조했다.

그러나 국세청은 “임상시험은 제약사가 일정 금액을 지불하고 병원에 발주하는 연구용역 형태로 적법한 과세 대상으로 국세기본법상 정해진 ‘부가 제척기간’ 기준에 따라 최근 5년간의 부가세는 과세 가능하다”는 입장을 견지하고 있다. 국세청 관계자는 “기획재정부에서 부가세 대상이라는 예규가 나왔기 때문에 과세의 적법성에 대한 논의는 정리된 상황”며 “정책적인 면에서 논의는 가능하지만 법적으로는 세금을 납부하는 게 맞다”고 밝혔다.

대형병원들이 임상시험을 통해 상당한 이익을 거두고 있는데 적법한 세금을 내지 않겠다는 것은 문제가 있다는 시각도 많다. 한 의료계 관계자는 “충분한 임상시험 기술력과 경쟁력을 갖춘 상황에서 부가가치세는 당연히 내야 하는 것”이라며 “부과가치세가 부과된다고 해서 임상시험이 대폭 위축될 것이라는 주장은 개연성이 떨어진다”고 지적했다.